A paróquia de Nossa Senhora do Monte instalou-se numa pequena capela de Nossa Senhora da Encarnação, que diz a tradição ter sida erigida em 1470 por Adão Gonçalves Ferreira, um dos primeiros povoadores da ilha da Madeira. A capela sofreu várias remodelações mas era certamente insuficiente para o número de fiéis.

A construção na nova igreja deu-se a 10 de Junho de 1741 com o lançamento da primeira pedra e o processo de construção terminou em 1747.